中国大陆于公元1993年9月25日发布之「关于对台湾地区小额贸易的管理办法」系为便于大陆沿海省市与台湾地区的货物交流，展开海峡两岸民间小额贸易正常开展，且限制对台小额贸易每船每航次进出口限额各为十万美元及对台小额贸易只能由台湾地区居民与大陆的对台小额贸易公司进行，台湾居民须持有有效渔民证、身分证等有关身分证明，在大陆沿海指定口岸（福建、广东、浙江、江苏、山东、上海）依照有关规定进行货物交易。而我自民国89年12月25日施行之「试办金门马祖澎湖与大陆地区通航实施办法」以来，鉴于大陆对依上开规定之港口输入台湾货品，其检验标准较为宽松且课税较优惠，致台湾货品经由金门小三通方式输往大陆该等口岸之货物数量大幅成长，惟大陆海关近来发现以虚报货名、数量、低报价格方式逃漏课税或规避输入规定之不法情事层出不穷，税额严重短收，爰加强整顿前开情事，采取进ㄧ步明确规范和监管查验措施，俾导正业者依规定办理报关。

大陆海关对小额贸易开放港口原为福建沿海之同益码头、东山港、漳州港、石井港、围头港、后渚港、后湖港等七个口岸，因其通关设施简陋，不符合进出口货物通关所需，经大陆海关检讨后，104年3月仅剩厦门同益码头可供泊靠输入台湾货品；另近期因中国大陆拟于闽北小三通关口（马尾、黄岐、三沙等）比照大三通模式，限制针对船舶吨位及装货方式（不得散装，改由柜装），使得经营两岸通航之北竿小货船（渔船改装，无法载运货柜）处于停航状态。

关务署检视103年11月至104年2月小三通货物出口相关统计资料，其中离岸价格分别约新台币（下同）30、19、11、2.7亿元；出口报关份数分别为6,081、3,377、1,798、320份。数据显示小三通货物出口至大陆之离岸价格与报单份数有明显减少现象。该署提醒小三通业者，注意目前大陆小三通通关作业情形，避免货物出口后无法通关造成损失。